A APAE pode contar também com atendimento fonoaudiológico num período compreendido entre os meses de junho a dezembro de 2008. A contratação de uma Fonoaudióloga foi pedida à prefeitura municipal desde fevereiro de 2008, sendo indeferido o pedido. A partir de julho, a APAE contratou uma Fonoaudióloga com recursos próprios com a carga horária de 25 horas semanais. Dentre as áreas trabalhadas com os pacientes pode-se citar todas relacionadas à Fonoaudiologia: linguagem oral, linguagem escrita, voz, motricidade orofacial, audiologia educacional. Foram feitos 547 atendimentos em fonoaudiologia. Houve progressão no quadro clínico de grande número de crianças, aumento da auto-estima das crianças quanto aos resultados obtidos de perceber melhora na efetividade de sua comunicação, melhor organização de prontuários dos alunos, fazendo assim melhores planejamentos individuais para cada caso.